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对接算法

算法概要

分子对接的目标是找到两个分子相结合的最稳定结构,最通常的是蛋白质和有机小分子,小分子称为配体,大分子称为受体。 对接过程:旋转小分子的可旋转单键得到不同的构象,使用打分函数计算并排序这些构象与固定坐标蛋白质的结合值。

主要输入内容

  • 配体结构信息:原子坐标,点电荷,原子类型,化学键
  • 受体结构性息:主要是蛋白质
  • 对接中心和对接范围大小